Der Knabenchor wurde im Jahr 1976 auf Anregung des damaligen Chefdirigenten der Jenaer Philharmonie, Günter Blumhagen, gegründet. Mit Beginn der Spielzeit 1976/77 begann die Musikpädagogin Helga Blumhagen mit ca. 60 Knabenstimmen die regelmäßige Probenarbeit. Unter der künstlerischen Leitung von Michael Pezenburg (1976-1983) und Jürgen Puschbeck (1983-1999) wurde der Chor schnell über die Grenzen Jenas hinaus bekannt und profilierte sich zum gefragten Partner bei Aufführungen unter anderem im Leipziger Gewandhaus, im Schauspielhaus Berlin und bei Rundfunkaufnahmen. Seit 2000 ist Chordirektorin Berit Walther die Dirigentin des Chores.

Die Chorarbeit findet in vier Chorgruppen statt. Im gemischten Konzertchor singen ca. 70 Knaben und junge Männer. Der Vorkurs für Knaben aus den Klassenstufen 1 und 2 legt die Grundlagen für die künftige Sängertätigkeit. Danach wechseln die Knaben in den Nachwuchschor, wo sie weiter ausgebildet und für die Zeit im Konzertchor vorbereitet werden. Die Männerstimmen des Knabenchores bilden zusätzlich einen eigenständigen Chor, der sich der umfangreichen Literatur für Männerchöre widmet.

Der Jenaer Knabenchor kann auf zahlreiche erfolgreiche Teilnahmen bei Landes- und Bundeschorwettbewerben zurückblicken. Im Jahr 2014 gewann der Männerchor des Jenaer Knabenchores den 2. Preis beim Bundeschorwettbewerb; 2018 belegte er den 3. Platz. Konzertreisen führten den Chor nach Frankreich, Russland, Slowenien und Estland. Er veranstaltet die Reihe „Knabenchor meets friends“, in der Kinderchöre aus Deutschland sowie ein norwegischer und ein estnischer Chor sich gegenseitig zu gemeinsamen Konzerten besuchen.